Die Entstehung läßt sich durch tektonische Plattenverschiebungen verbunden mit Hot Spots erklären. Die Galápagos-Inseln liegen auf einer ozeanischen Platte (Nazca-Platte), die sich wärend eines Jahres etwa 7 cm nach Südosten unter die Südamerikanische Kontinentalplatte schiebt. Durch Hot Spots, das sind Gebiete mit hoher Wärmeströmung im Erdmantel, kommt es in unregelmäßigen Abständen zum Aufsteigen von Magma. Diese submarinen Vulkane können schnell bis über den Meeresspiegel anwachsen. Nach einer zeitlich begrenzten Phase der Aktivität erlischt der Vulkan und wird auf der ozeanischen Platte, die weiterdriftet wegtransportiert. Über dem Hot Spot kann nun ein neuer Vulkan entstehen, der wiederum erlischt und mit der Platte wegdriftet. So entstehen im Laufe der Zeit viele Inseln. Da jedoch die Galápagos-Inseln in einem Gebiet geologischer Instabilität liegen, ist eine gradlinige Anordnung der Inseln auf den ersten Blick nicht erkennbar, es läßt sich jedoch eine deutliche Altersprogression anhand der vulkanischen Aktivität erkennen. Die im Westen liegenden Inseln Fernandina und Isabela sind die jüngsten Inseln im Galapagosarchipel mit einem Alter von etwa 500.000 - 600.000 Jahren. Sie liegen derzeit genau über dem Hot Spot und ihre mächtigen Schildvulkane sind sehr aktiv. Die Inseln Santiago, Santa Cruz, San Cristóbal, Floreana und Pinta sind zwar noch als Vulkane erkennbar, jedoch meistens mit erodierten Formen und dichtem Pflanzenbewuchs. Auf den kleinen östlichen Inseln Espanola, Santa Fe, Plaza und Seymour sind kaum noch vulkanische Formen zu erkennen. Sie sind mit 4 Millionen Jahren die ältesten Inseln des Archipels, was nach geologischem Maßstab aber sehr jung ist.

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